Menyusuri sejarah terbentuknya suatu Pemerintahan desa sebenarnya cukup sulit, selain tidak adanya bukti-bukti tertulis juga minimnya sumber-sumber yang bisa dijadikan petunjuk untuk menguak sejarah terbentuknya sebuah pemerintahan desa.Tulisan ini berusaha untuk menguak sekelumit tentang sejarah asal mula terbentuknya Desa Gandusari yang diambil dari beberapa sumber yang sebenarnya secara ilmiah belum bisa disebut sebagai sumber sejarah namun mungkin lebih “layak” disebut sebagai legenda.Tidak ada bukti sejarah yang bisa dijadikan dasar baik bukti tertulis maupun bentuk yang lain, satu-satunya sumber adalah cerita secara turun temurun dari generasi ke generasi, namun mudah-mudahan ini dapat sedikit menjadi gambaran untuk melihat ke belakang tentang desa Gandusari.

Berdasar dari cerita yang tersebar secara turun temurun bahwa dahulunya wilayah yang sekarang menjadi Desa Gandusari adalah sebuah Hutan Belantara yang tidak ada penghuninya. Tersebutlah seorang Bangsawan dari Kerajaan Mataram bernama Dipa Wedana datang ke wilayah ini dan melakukan Babad Alas atau membuka hutan menjadi sebuah daerah pemukiman. Ia datang bersama saudaranya yang bernama Singa Wedana yang melakukan Babad Alas di daerah yang sekarang menjadi wilayah Desa Bendungan dan Serut. Sementara Dipa Wedana melakukan babad di wilayah yang sekarang menjadi Desa Banjareja dan Gandusari. Setelah meninggal Dipa Wedana dimakamkan di Desa Banjareja tepatnya di Pemakaman Dukuh Pacor sementara Singa Wedana dimakamkan di Desa Bendungan. Tidak ada satupun bukti yang mengarah kepada kapan waktu terjadinya Babad Alas ini sehingga tidak bisa diketahui sejak tahun berapa  Pemerintahan Desa Gandusari terbentuk.

Di sisi lain pada perkiraan abad X datanglah ke Desa Gandusari seorang Ulama asal Tegalsari bernama Syaikh Idris Ismail. Beliau adalah murid dari Syaikh Ahmad Maulana Maulin. Syaikh Idris Ismail ini diperintahkan oleh gurunya untuk melakukan khalwat (tapa) di daerah Gunung Kidang (sekarang wilayah sekitar Desa Sekayu, Kecamatan Buayan) dengan diberi pesan untuk mengikuti arah perginya seekor hewan apapun yang nanti hinggap ketika melakukan khalwat. Setelah beberapa waktu berkhalwat akhirnya hinggaplah seekor belalang di pundaknya. Sesuai pesan dari gurunya diapun mengikuti arah terbangnya belalang tersebut yang ternyata berhenti di daerah yang sekarang menjadi Desa Pondok Gebangsari. Diceritakan bahwa wilayah ini adalah wilayah dengan ketersediaan air yang sangat kurang sehingga Syaikh Idris Ismail memutuskan untuk pindah ke wilayah Gandusari.

Atas permintaan warga dan juga sesuai dengan misinya Syaikh Idris Ismailpun berdakwah menyebarkan Agama Islam di Gandusari. Untuk memperlancar usahanya ini beliau meminta kepada warga untuk dibuatkan masjid dan juga tempat tinggal. Wargapun menyetujui dan dibangunlah sebuah masjid dan rumah untuk tempat tinggal Syaikh Idris Ismail. Sampai saat ini masjid tersebut masih megah berdiri dan menjadi masjid kebanggaan masyarakat Desa Gandusari dengan nama Masjid “Baitul Mu’minin”.

Dalam kurun waktu abad yang sama dengan masuknya Syaikh Idris Ismail ke Gandusari inilah diketahui adanya seorang Kepala Pemerintahan atau Kepala Desa di Gandusari yang diyakini sebagai Kepala Desa Gandusari yang pertama bernama Jayus. Tidak diketahui sejak kapan dan berapa lama beliau memerintah di Gandusari. Kepala Desa ke dua adalah Wiryodiharjo seorang warga asal desa Ori. Sepeninggal beliau pemerintahan desa dipegang oleh puteranya bernama Sardiyo yang merupakan Kepala Desa Ke- 3.

Kepala Desa ke-4 bernama Bahri yang berasal dari Serut, namun ternyata kepemimpinannya tidak didukung oleh sebagian warga dan beliau hanya memerintah selama 3 hari. Pemerintahan kemudian dipegang  oleh Dulah Khaeri yang berasal dari desa Kuwarasan. Beliau adalah Kepala Desa ke-5 yang juga tidak cukup lama memegang pemerintahan yaitu selama kurang lebih 2 tahun. Tanpa diketahui secara pasti penyebabnya beliau dicopot dari jabatannya oleh Pemerintah Kecamatan Kuwarasan waktu itu.

Kepala Desa ke-6 bernama Gandu Sasmito warga asal Desa Kalipurwo yang memerintah sampai kira-kira tahun 1947. Karena tindakannya yang suka memeras warganya sendiri dan sikapnya yang memihak kepada penjajah Belanda dia ditangkap dan dibunuh oleh Tentara Pejuang Kemerdekaan waktu itu.Selama kurang lebih 5 tahun Desa Gandusari vakum tidak mempunyai Kepala Desa sampai akhirnya pada tahun 1952  terpilihlah seorang Kepala Desa bernama  Joyo Suwito yang berasal dari Desa Kedung Ampel Kecamatan Gombong, beliau memerintah sampai tahun 1973 dan merupakan Kepala Desa ke-7.

Kepala Desa ke-8 adalah Harjo Suwito warga asli dari Ori dan memerintah dari tahun 1974 – 1986. Selama kurang lebih 3 tahun Pemerintah Desa dipegang oleh Sekdes (Carik) waktu itu sampai pada tahun 1989 diadakan Pemilihan Kepala Desa dan terpilihlah Amir Khaerudin yang memegang jabatan selama 2 periode yaitu sampai tahun 2006 setelah pada pemilihan kepala desa berikutnya beliau terpilih kembali dan merupakan calon tunggal. Beliau adalah Kepala Desa ke-9 dan merupakan Kepala Desa pertama yang asli warga Desa Gandusari karena bahkan Kepala desa berikutnya (ke 10) Bambang Pujiman yang memerintah sampai sekarang atau sampai tahun 2013 adalah bukan asli warga Desa Gandusari yang tidak lain berasal dari Desa Pejagoan Kebumen.

Demikian sekelumit tentang sejarah Desa Gandusari yang dengan melihat sumber dan referensi yang ada belumlah dapat dipertanggungjawabkan secara ilmiah, namun mudah-mudahan hal ini tidak mengurangi rasa patriotik dari para pembaca khususnya warga Desa Gandusari baik yang berdomisili di Gandusari maupun yang saat ini berada di perantauan atau bahkan sudah bermutasi kependudukan namun masih mempunyai rasa memiliki terhadap Desa Gandusari.

Kami sangat mengharapkan kritik dan saran apapun bentuknya dari pembaca sekalian dan sekiranya di antara pembaca ada yang mempunyai sumber informasi yang lain dari apa yang sudah tertulis di sini mohon untuk dapat menambahkan, terima kasih

                                                                                                                                                Penulis